Já há algum tempo que se confundia a coragem de Junot com loucura, certos ataques que lhe deram fama, como por exemplo durante a campanha do Egipto, em que com poucas centenas de homens desbarata milhares, tinham tanto de glorioso como de temerário.
Na campanha de Itália é ferido pela primeira vez na cabeça em Lonato, considerando os seus biografos que a partir deste momento o seu carácter se alterou, tornando-se temperamental e impetuoso, mas o que é certo é que estas características já faziam parte da sua personalidade.
Durante a terceira invasão Junot foi mais uma vez ferido com alguma gravidade na face, durante uma escaramuça em Rio Maior a 19 de Março de 1811, nunca tendo recuperado totalmente, conta-se que, muito depois, quando ficava colérico sangrava da mesma.
Também se dizia já na época que os sinais de loucura eram agora mais evidentes do que nunca, mas tendo Junot conduzido a sua vida pessoal de modo bastante desregrado, isso era difícil de avaliar ao certo e apesar do seu ferimento, continua no serviço militar activo e participa na campanha da Rússia de 1812.
No entanto a sua conduta desastrosa, leva a que Napoleão se decida a afastá-lo do comando, nomeando-o governador das províncias da Iliría. Não fica por muito tempo nesta posição, o seu pai vê-se obrigado a ir buscá-lo em Fevereiro de 1813 e com ele regressa a França, dado o seu agora claro estado mental.
Sabe-se que esta nomeação tinha sido mal recebida e que Junot se sentira abandonado, talvez fosse essa a razão final do seu declínio. Poucos meses depois, ao saber da notícia da derrota do seu grande amigo e protector, suícida-se.
