A segunda razão seria então de ordem funcional, este é um género de eufemismo, para dizer que nem os seus contempôraneos lhe reconheceram grandes méritos militares, relacionando as suas promoções iniciais com a sua inigualável coragem em batalha, mas as subsequentes já resultariam da longa amizade mantida com Napoleão.
Ninguém negava que era um estrito cumpridor das ordens recebidas, mas em batalhas mais complexas, que exigissem algo mais do que um rápido ataque, a situação complicava-se e o Vimeiro é logo apontado como o primeiro exemplo disso mesmo.
Junot ganhara dos seus companheiros de armas a alcunha de "La Têmpete", pela maneira como se entregava à luta, encontrando-se sempre onde ela era mais feroz. Quando conheceu Napoleão durante o cerco de Toulon já era sargento de granadeiros, depois foi logo requisitado para ser seu ajudante de ordens.
No Egipto é desde a sua chegada promovido a general de brigada, mas é ferido num duelo e ao regressar a França como inválido é capturado pelos ingleses. O afastamento progressivo de Napoleão terá começado então nesta altura, temendo-se a sua irascibilidade.
Nomeado governador de Paris, quando começa a abusar da sua posição é enviado como embaixador para Portugal, em substituíção de Lannes, que também aqui tinha sido exilado. Ainda assume uma segunda o cargo na capital de França, mas novos escândalos, tal como já foi descrito na sua biografia, levam a novo afastamento e ao regresso ao nosso país.
Napoleão não fica inteiramente satisfeito com o seu comportamento e na terceira invasão envia-o mais uma vez, mas agora como auxiliar de Massena. O pior é que Junot sentia-se humilhado por ter de responder perante este e tudo fazia para conspirar contra ele e não era o único.
A sua carreira militar entrara num nítido declínio, não mais sendo chamado para comandos independentes, de qualquer modo ainda participa na campanha da Rússia, onde na batalha de Smolensk foi acusado de permitir a retirada do exército russo, mas ainda comanda o 8º corpo na batalha de Borodino.
