13 de Fevereiro - parte da tripulação do Confiance, embarcados em um escaler e um cúter e comandados pelo mestre Largue, atacam uma canhoneira ancorada junto ao forte de Paço de Arcos. A resistência liderada pelo guarda marinho Gandolphe, não impediu a sua captura bem como a de 50 prisioneiros e cerca de 100 armas. Os franceses perderam 3 homens e viram 9 ficarem feridos, os ingleses não tiveram baixas.
Em Abril deu-se o ataque de Shipley já aqui resumido e que resultou na sua morte, bem como na de 40 dos seus companheiros. Neste mesmo mês, mas no dia 5, cerca de 170 portugueses que haviam procurado refúgio na frota inglesa, foram enviados para Plymouth e dois dias depois mais 200 seguiram o mesmo caminho, o seu último destino seria o Brasil.
Diariamente partiam pessoas que procuravam abrigo na esquadra inglesa, por isso uma medida de Junot foi decretar que todas as embarcações teriam que ter obrigatoriamente letras e números pintados de forma visível, algo que permaneceu até aos nossos dias.
Em Maio com grande parte dos navios da frota portuguesa já reparados, um falso alarme, as vigias reportam a Junot que a frota inglesa não estava no horizonte e este pensa logo em mandar zarpar 1 fragata e 1 corveta, com o intuito de descobrir onde paravam esses navios, mas antes de os preparativos estarem concluídos, voltava a esquadra inglesa.
Junot tentava por todos os meios, sejam eles de lisonja ou de ameaça, a colaboração do almirante Siniavin, entregara-lhe todos os abastecimentos em víveres e em pólvora de que necessitava e propusera mesmo a entrega da nau Vasco da Gama, já recuperada e com 74 peças. Nada demovia no entanto o russo que continuava a argumentar que o seu país não estava em guerra com Portugal.
Napoleão também enviara instruções para que finalmente esta frota pudesse entrar em acção de modo a causar problemas aos ingleses, estabeleceu mesmo um prazo para que a mesma se fizesse ao mar - 1 de Julho. Mais esclarecido sobre a real situação, até do próprio país, Magendie considerou que era impossível guarnecer os 9 navios e depois de Maio, com a retirada da tropa espanhola, a tarefa foi abandonada.
Sob bandeiras de tréguas, embarcações inglesas entravam no estuário para parlamentarem, quer com os franceses, quer com os russos, aos quais por vezes entregavam correspondência, este era afinal mais um expediente que lhes permitia obter notícias da situação na capital, por isso mesmo foram depois proibidas.
