Foram várias as acções que os ingleses intentaram no rio Tejo, com o objectivo, mesmo que não se conseguissem alcançar grandes vitórias, nem causar grandes estragos, de pelo menos infligir duros golpes na moral dos franceses e de os obrigar a um permanente estado de alerta.
Um dos principais objectivos de Junot era a captura da frota portuguesa, mas pertencendo ele ao exército, Napoleão vai atribuir ao capitão Magendie, antigo oficial do estado maior do almirante Villeneuve, a responsabilidade do comando da frota.
Os melhores navios, como já sabemos, tinham zarpado com a família real, mas ainda restavam alguns cujos reparos não foram concluídos a tempo, ou para os quais não havia guarnição. Totalizavam 4 naus, 5 fragatas, 1 corveta, 2 brigues e 1 charrua. Neste número incluí-se a nau Príncipe Regente, futura D. João VI, que ainda estava em cavername no arsenal da marinha.
Esta era a frota com que Magendie podia contar, mas que nunca saiu do porto dado o bloqueio imposto pelos ingleses, a prioridade seguinte foi precisamente a defesa das costas contra possíveis ataques, para isso alguns navios que estavam em tão mau estado que não podiam navegar, foram dispostos em linha na zona onde o rio mais estreitava, entre a torre de Belém e a torre velha da Trafaria.
Os ingleses desconheciam que tipo de defesas estavam os franceses a montar nas margens, mas tinham algumas estratégias para as descobrirem, em diversas ocasiões esperavam pela maré enchente e largavam pequenas jangadas a que amarravam lanternas, atraíndo o fogo inimigo.
É que para além das fortalezas já existentes, foram construídos redutos provisórios, por exemplo nas praias de Porto Brandão, Paulina e Bom Sucesso e uma bateria de morteiros foi disposta entre Cacilhas e a Trafaria. Cerca de 183 peças de calibre variado procuravam assim assegurar a tranquilidade de Lisboa.
Nada disto impedia o trânsito constante de chalupas e de escaleres ingleses que procuravam inteirar-se de todas as movimentações, quer dos franceses, quer da esquadra russa do almirante Siniavin, fundeada entre Belém e a Junqueira. Um navio muito importante para Junot era o mercante Espada de Ferro, também fundeado na dita zona e que era como que um cofre forte, onde todas as riquezas saqueadas eram depositadas.
