O tratado de Fontainebleau garantiu aos franceses uma serena ocupação de Portugal e a concentração dos seus efectivos em locais estratégicos para a defesa de Lisboa e das suas linhas de comunicação. Assim guarneceram a fortaleza de Peniche, protegendo um local propício para desembarques demasiado perto da capital e o convento de Mafra, também pela sua localização e pelo seu tamanho, onde um grande número de soldados se podiam instalar.
As localidades de Torres Vedras e Bombarral, por estarem em importantes nós viários, tinham em permanência 1 ou mesmo 2 regimentos, finalmente as Caldas da Rainha, devido ao seu hospital termal, assistiam a um autêntico vaivém de franceses que aí iam curar as suas doenças de pele.
Ainda em outras zonas do país, as fortalezas de Almeida e de Elvas, importantes na defesa das fronteiras,estavam igualmente guarnecidas. Em Faro e no Porto, pequenos destacamentos faziam a ligação com a tropa espanhola e em Coimbra outro destacamento garantia o chamado "caminho de posta", ou seja, a estrada por onde seguia o correio para França e para onde eram encaminhados os reforços. Chegou mesmo a funcionar durante largos meses um hospital militar, tratando os soldados esgotados pela caminhada desde Baionne.
Para a tropa espanhola reservou-se a missão de manutenção da paz em todo o restante território nacional, com as suas três divisões:
- A divisão do general Taranco com 6584 homens, depois de algumas dificuldades causadas pelo terreno acidentado e que só permitiram a ocupação do Porto a 13 de Dezembro de 1807, controla o Norte do país. Inesperadamente este general vem a falecer a 27 de Janeiro do ano seguinte, sucedendo-lhe o general Ballesta.
- A divisão do general Solana, que percorrera um caminho semelhante ao dos franceses, , acaba por estabelecer o seu quartel general em Setúbal de onde controla todo o Sul. Era composta por 9728 homens.
- A ultima das divisões, comandada pelo general Carrafa, vê os seus efectivos divididos, parte dos 9757 homens, ficam na zona de Lisboa com as tropas francesas, outra parte vai reforçar a tropa que estava no Porto. Saliente-se que os espanhóis são bem recebidos pelos portugueses, desconhecedores da aliança.
Apesar de Junot, general em chefe do exército, não poder dispor da totalidade dos seus efectivos durante largas semanas, os primeiros meses de ocupação foram tranquilos. Ainda havia comida suficiente e as autoridades locais tinham recebido instruções de D. João para receberem bem os franceses de modo a obstar males maiores.
Todo o equipamento arruinado pela travessia da península pôde ser substituído e, na sequência da mudança de designação de Corpo de Observação da Gironda para Exército de Portugal, os homens receberam mesmo uniformes extra e garrafas de vinho, entre outros objectos.
Tranquilidade foi a palavra de ordem entre Novembro de 1807 e meados de Janeiro de 1808, altura em que surgiram as primeiras revoltas, mas só depois de Junho é que as mesmas eclodiriam em força.
