D. José foi o quinto Patriarca de Lisboa, na altura da primeira invasão. Nascido na família dos condes de Val dos Reis, mas não sendo o primogénito, foi-lhe destinada uma carreira eclesiástica e é nesse sentido que prosseguem os seus estudos, finalizados com uma licenciatura em direito canónico.Foi cónego, monsenhor e principal na Sé Patriarcal, até ser nomeado para o lugar de D. Francisco de Lemos, como reitor da Universidade de Coimbra, cargo que ocupa entre 1779 e 1785 e onde deveria prosseguir com as reformas de que o seu antecessor fora encarregue pelo Marquês de Pombal e que tardavam a arrancar em pleno.
Em 1786 é designado Patriarca de Lisboa, mas só em 1788 é que Pio VI o confirma como cardeal, dada a tradição de só o fazer no primeiro consistório após a elevação. É ainda o capelão mor da rainha D. Maria I.
Em Novembro de 1807, com 82 anos de idade e já doente, não acompanha a família real na fuga para o Brasil, permanecendo na cidade. Junot vê na sua presença um trunfo indispensável para o seu governo e mal começam as primeiras revoltas, após a substituição do conselho de regência e das bandeiras nacionais, ordena-lhe que escreva diversas pastorais apelando à calma, eis um exemplo:
Não temais, amados filhos, vivei seguros em vossas casas e fora delas; lembrai-vos que este exército é de sua majestade o imperador dos franceses e rei de Itália. Napoleão, o Grande, que Deus tem destinado para ocupar e proteger a religião e fazer a felicidade dos povos(...).
Com o que Junot não contava tão cedo era a morte do Patriarca, em Fevereiro de 1808, pois se os portugueses em geral respeitavam esta figura pela posição que ocupava na hierarquia da Igreja nacional e procuravam nas suas palavras o sossego que os franceses não lhes permitiam, a sua morte vai libertá-los desse fardo e a revolta agudiza-se de semana para semana.
