Nascido em Lisboa, alistou-se no exército depois de ter frequentado o colégio dos nobres, começando como cadete no regimento de infantaria de Peniche, que fazia parte da guarnição de Lisboa. Em 1782 é promovido a alferes da 5ª companhia deste mesmo regimento, onde aliás se mantém até ser promovido a Major.
No ano de 1793, toma parte na campanha do Rossilhão, durante a qual ascende a coronel (1794) e onde se começa a distinguir pelas suas qualidades de comando, chegando a ser ferido no assalto a Madalena. No regresso a casa tem nova recompensa pelos bons serviços prestados, é agora brigadeiro.
Em 1800 é nomeado governador e capitão general de São Paulo, mas então já se iniciavam os preparativos de um conflito que se avizinhava com Espanha e que rebenta em Maio do ano seguinte - a Guerra das Laranjas. Fica assim com o comando de uma brigada do exército do Alentejo, com a qual salva as tropas de Carcome Lobo da destruição, no combate de Arronches.
Pelo prestígio adquirido é convidado a participar nas diversas comissões que tinham por objectivo a reforma do exército, é entretanto promovido a marechal de campo. O ano de 1807 encontra-o no Porto para onde fora nomeado governador de armas da região militar, no entanto, com a entrada dos franceses não permanece por muito tempo no cargo, optando por pedir a sua dispensa, prontamente concedida pelo conselho de regência e retira-se para a sua casa de família.
Já quando estala a revolta, encontrava-se em Coimbra com um seu primo direito, Miguel Pereira Forjaz e juntos viajam para o Porto, onde ocupam cargos de destaque na Junta de Supremo Governo. D. Miguel na parte administrativa e Bernardim na reorganização de um exército desfeito pelos franceses.
Foi com essas forças, mal treinadas e mal equipadas, mas que mesmo assim já ascendiam a perto de 10.000 homens, que iniciou a sua marcha, tendo chegado a Coimbra no dia 5 de Agosto. Pouco depois encontra-se pela primeira vez com o general Wellesley em Montemor o Velho, que perante o estado das forças portuguesas decide incorporar apenas cerca de 1500 homens nas suas fileiras, mas cede armas e alguns abastecimentos.
Ficou estabelecido que os portugueses protegeriam o flanco dos ingleses que marchariam para Sul junto à costa, Wellesley não contava com este auxílo, pois sabia perfeitamente que por mais vontade e patriotismo que os portugueses demonstrassem, só isso não seria suficiente para fazer frente aos franceses. Utilizava então todos os pretextos possíveis para demorar a sua marcha, caso da paragem em Leiria, por sua recomendação e para que se pudesse complementar o pouco treino.
Tudo somado fez com que Freire não participasse em nenhuma das batalhas e quando chega finalmente à zona de Torres Vedras, já os príncipios do que viria a ser conhecido por Convenção de Sintra tinham sido acordados, de nada valendo os seus protestos.
Regressado ao cargo de governador militar do Porto, em 1809 recebe a missão de defesa do Minho, já na 2ª invasão francesa, tendo a regência indicado quais os lugares que deveria defender. Tal não foi possível devido à rapidez do avanço inimigo e à continua escassez de homens treinados e de armas, mesmo assim consegue impedir a passagem de Soult por Caminha, não impedindo todavia a invasão de Trás os Montes.
Tentou ainda, em diversos reconhecimentos entre Braga e Ruivães, escolher um local adequado onde pudesse montar uma linha de defesa, depara-se com imensas dificuldades, que começavam na indisciplina que ainda reinava no seu exército e decide então a retirada para o Porto. Os seus homens extremamente permeaveis às influências dos habitantes da zona, são levados a crer que ele estava a abrir o caminho para os franceses e prendem-no.
Ainda conseguiu salvar-se de uma primeira situação complicada, pela mão de António Bernardo da Silva, comandante de ordenanças, que travou os ímpetos dos que acusavam Bernardim de colaboracionista e de ter entregue o país aos franceses, mas mais à frente nada pôde fazer quando milícias, misturadas com camponeses o quiseram linchar pelos mesmos motivos.
Por mais uma vez valeu-lhe o Barão de Eben, que comandava um regimento sedeado no Porto, e que o queria levar para o seu quartel, o pior é que a pequena escolta que deixou foi insuficiente para conter a população e no dia 18 de Março é assassinado juntamente com o seu quartel mestre general Custódio José Gomes Vilas Boas, perto de Braga.
